VASP 元素周期表（@dsh-vasp/periodic-table）

Name: bowenphys/dsh-vasp-periodic-table
Author: bowenphys

面向 VASP 用户的 DeepSeek Harness Web 插件：在左侧栏打开一个独立的元素周期表面板，把「选哪个 PAW 势、ZVAL/ENMAX 是多少、初始磁矩怎么给、ENCUT 取多少、POTCAR 怎么拼」这些每天要查的东西放在一页里，并可直接复制 INCAR / POTCAR / POSCAR / MAGMOM 片段。

面板位置：侧栏图标（元素周期表）→ 中央 main 面板，不占用对话窗口。
技术形态：纯客户端 bundle（Host 半为空，不启动 Python、不发起 RPC、不读写计算目录）。
数据：PBE PAW 数据集来自 VASP Wiki Available PAW potentials 表，并逐条与一份只读的共享 POTCAR 库（真实 POTCAR 头部：ZVAL / ENMAX / POMASS）核对；元素基础数据来自 pymatgen，初始磁矩取 Materials Project MPRelaxSet 惯例。详见 docs/data-elements.md、 docs/data-paw.md。

功能

周期表：118 元素、18 族 + 镧系/锕系两行；支持符号/中文名/英文名/原子序数搜索。
五种着色：分类、磁性倾向、ENMAX、价电子数（ZVAL）、电负性（带图例）。
元素详情：
- 原子轨道动画（Canvas，点击元素即出现）：由 config 电子排布实时推导
  - 「玻尔壳层」：K/L/M… 倾斜轨道 + 发光电子，各壳层速度/方向不同；
  - 核心 = POTCAR 价电子的轨道分布：默认按当前 POTCAR 数据集的价电子构型绘制「每条被占据子壳层一圈椭圆轨道 + 该子壳层电子数的发光电子点」（带拖尾、深度明暗），冻结芯电子同时以暗色虚线"鬼环"保留在视野里（可一眼看出「哪些芯态被 POTCAR 收进了价态」），核区显示 core N 光晕；_pv/_sv/_d 额外收进价态的半芯态用琥珀色虚线亮环区分；
  - 电子分布条：冻结芯（斜纹）vs 各子壳层（按 l 着色）按电子数占比绘制，切换数据集时宽度动画过渡；POTCAR / 原子 一键切换全部电子视图；
  - POTCAR 切换器：轨道视口标题下方直接列出该元素所有 PBE 数据集（带 ZVAL 角标），点击即切换并触发射线/轨道形变；右侧 PAW 表点击同样联动；
  - 原子 / POTCAR 分屏对照（「对照」模式）：左半屏 = 原子全部电子壳层，右半屏 = POTCAR 价电子 + 冻结芯鬼环，中间光点由左向右流动提示「芯态被收进价态」，两边标注 Z / ZVAL / core / valence，直接对比不同 POTCAR 的电子分布；
  - 清晰伪 2D 玻尔轨道（默认模式）：同心正圆轨道，每条被占据子壳层一圈； 电子画成固定大小的发光圆点（晕 + 实心点 + 高光），等间距排在轨道上、极慢绕行（约 60 秒一圈），数量与占据数一致，一眼可以数清；半芯态琥珀虚线、冻结芯暗色虚线（不画电子）；右侧独立标签列显示 3d⁶ ↑5↓1 等占据与自旋数；选中某个子壳层 chip 时该轨道环加粗发光、其余变淡；
  - 自旋向上/向下（MAGMOM 语义）：按 Hund 高自旋规则占据（3d⁶ = 5↑1↓、未成对 4），轨道上的电子按 ↑ 青 / ↓ 玫红着色（Canvas 左下角有图例）；每个子壳层 chip 标 ↑n↓m， HUD 显示总 ↑/↓、未成对电子数与元素 MAGMOM（MP 惯例起始猜测，非收敛磁矩）；
  - 导出带标注高清 PNG：Canvas HUD 的 ⤓（或全屏舞台「导出 PNG」）用离屏 1680×1050 重绘深色底 + 当前视图 + 元素/构型/来源数据集/ZVAL/芯-价电子/半芯/未成对自旋/ MAGMOM/ENCUT 信息栏 + 自旋图例 + 来源页脚，文件名含元素与数据集；
  - 背景：纯深色渐变 + 静态 HUD 网格/描边（无星点/粒子/扫描线等动态粒子特效）；
  - 布局：轨道视口固定显示在周期表下方（深空底、全宽 Canvas），右侧详情栏只放文字信息；窄窗口选中元素后自动把轨道视口滚进视野；
  - 全屏轨道舞台（轨道视口标题栏「⛶ 全屏轨道」、Canvas 右上角 ⛶，或双击周期表元素直接进入）：覆盖面板的巨型轨道 + 深色底 + 巨型元素符号水印 + 打开/切元素时的 18 点爆裂；右侧档案栏（壳层电子数条形图、PAW 数据集/ZVAL/ENMAX/ENCUT/MAGMOM、相位图例）；顶部「‹ ›」逐个元素步进（切换时轨道交叉淡化 + 冲击波 + 46 颗火花）、「⤓ 导出 PNG」、 Esc 关闭；
  - 元素切换形变：叉淡化冻结帧 + 双冲击波 + 火花爆裂（内嵌与舞台都生效）；
  - 绘制细节：原子核质子/中子小球 + 脉冲辉光、旋转 HUD 刻度环、中心径向暗化（保证浅色主题下电子对比度）、右侧独立标签列；
  - 底部子壳层 chip（1s² 2s² 2p⁶ 3s² 3p⁶ 3d⁶ 4s²）：点击任意子壳层即高亮该子壳层的轨道圆；
  - HUD 行显示壳层电子数、价层子壳层、价电子数，并与当前 PAW 势的 ZVAL 对照；
  - 30 fps 上限、IntersectionObserver 滚出视口暂停、页面隐藏暂停、 prefers-reduced-motion 只画静态帧；
- 基本信息（原子量、周期/族/区、电子排布、电负性、原子半径、氧化态、熔点、密度）；
- PAW 势表：该元素全部 PBE 数据集，含 ZVAL、ENMAX、Wiki 默认 与 推荐 标记，点击切换当前数据集；
- 建议 ENCUT：max(500 eV, ⌈1.3 × ENMAX⌉) 向上取整到 10 eV（500 eV 为默认下限）；
- 初始 MAGMOM：Materials Project 惯例值 + 按氧化态的备选值，并明确标注"起始猜测，不是收敛磁矩"；
- SOC 提示：重元素给出"建议评估"而不是"必须开启"；
- 一键复制 POSCAR 元素行 / POTCAR 拼接命令 / INCAR 片段。
体系构建：Shift+点击（或详情页「加入体系」）选多个元素并填原子数，自动生成
- POSCAR 第 6/7 行（元素顺序 + 原子数），
- POTCAR 拼接命令（按顺序，默认用推荐数据集），
- MAGMOM（n*μB 计数写法）、ENCUT、ISPIN 的 INCAR 片段。
HUD 科幻皮肤（轻量版，优先流畅度）：静态星空/网格/辉光背景、元素格错峰入场、悬停光晕、光标跟随的 HUD 信息卡（实时显示 PBE 数据集/ZVAL/ENMAX/ENCUT/MAGMOM）、选中单元格脉冲光环与发光元素符号；切换着色模式时表格扫光；渐变标题、发光卡片、状态条滚动读数（数据规模/项目经验推荐/ENCUT 规则）；ENCUT 详情带能量条（500 eV 项目经验下限刻度）。性能约束：不使用大范围位置动画/扫描线/backdrop-filter/入场模糊；悬停与指针跟随用 requestAnimationFrame 合帧、网格子树 useMemo（hover 不重建 118 个格子）、 Canvas 30 fps 上限且滚出视口/切后台暂停。文本颜色只用宿主主题 token（明暗两套可读），装饰性辉光属于 artwork； prefers-reduced-motion 下关闭全部动画；顶栏还提供「动效：开 / 省电」一键切换（省电模式关闭星空、入场、脉冲与读数轮播，保留原子轨道 Canvas 与全部功能）。中英文案注册到 Client locale 服务；记住上次的着色模式/选中元素/体系/动效档（localStorage）。

安装 / 更新

这是一个 DeepSeek Harness bundle，仓库里已经包含构建好的 lib/client.js，安装时不需要先构建。

方式一：DSH 插件管理器

在 DSH 桌面端插件管理器里选择从本地目录安装，目录指向本仓库根目录（包含 package.json、index.js、cordis.patch.yml）。

方式二：命令行

git clone https://github.com/bowenphys/dsh-vasp-periodic-table.git
dsh plugin --profile <profile> add file:/绝对路径/dsh-vasp-periodic-table

激活后，左侧栏会出现「元素周期表」图标；打开即进入独立面板。

修改源码后

node scripts/check-elements.mjs
node scripts/build-client.mjs
node scripts/smoke-client.mjs

lib/client.js 是生成产物，更新后需要重启 DSH 宿主以加载新的模块代际。

DSH 插件发现

DSH 官方约定：插件仓库添加 GitHub topic：

dsh-plugin

这是 DSH 官方 README 指定的插件发现标签；本仓库同时使用 dsh、vasp、periodic-table 作为辅助 topic。

独立插件

本仓库是独立的纯客户端插件：

不依赖 @dsh-vasp/plugin、VASP 计算核心或服务器；
不发起 RPC，不读写计算目录；
可以单独安装、单独删除；
PAW 数据口径与项目经验 <POTCAR_ROOT> 一致，但运行时没有耦合。

许可与数据来源

代码以 MIT License 发布。元素基础数据来自 pymatgen；PAW 数据集来自 VASP Wiki Available PAW potentials 并与真实 POTCAR 头部核对；初始磁矩参考 Materials Project MPRelaxSet 惯例。详细来源与口径见 docs/data-elements.md、docs/data-paw.md。

路径	说明
`src/data/elements.js`	118 元素数据（物理量 + 中文名 + MP 初始磁矩）
`src/data/paw.js`	PBE PAW 数据集注册表（343 条；`ls` 条目 346 含 3 个非数据集文件）+ 推荐
`src/ui/i18n.js`	中英文案（zh/en key 必须一致）
`src/ui/theme.js`	主题 token / 分类色相 / 数值色阶
`src/ui/helpers.js`	纯函数：布局、数据集选择、ENCUT/MAGMOM 派生、片段生成
`src/ui/components.js`	周期表、详情、PAW 表、片段块、体系构建等组件
`src/ui/app.js`	根组件：状态、持久化、宽窄布局、语言订阅
`src/plugin.js`	`main` + `sidebar.panellist` 注册、locale 注册、`__internals`
`scripts/build-client.mjs`	把纯脚本片段拼装成 `lib/client.js`（唯一构建步骤，无依赖）
`scripts/smoke-client.mjs`	假 React / 假 slot 上下文的渲染冒烟测试
`docs/data-elements.md`	元素数据来源与口径
`docs/data-paw.md`	PAW 数据版本判定、核对结果、推荐推导

数据再生成

python3 scripts/extract-elements.py（本机 pymatgen）重新导出元素基础数据；
python3 scripts/fetch-paw.py 重新抓取 VASP Wiki 表并通过只读 SSH 核对共享 POTCAR 库，产出新的 src/data/paw.js。脚本不写服务器，也不包含任何密钥。

验证与边界

node scripts/smoke-client.mjs（45 项）：验证 bundle 格式、locale 字典一致性、slot 注册（main key vasp-periodic、sidebar.panellist id 与之一致）、完整渲染 118 元素格、每格 grid 坐标唯一且正确、5 种着色 × 2 语言 × Fe/Bk 渲染矩阵（含 Canvas 与子壳层 chip 在场）、全屏舞台组件渲染（canvas/子壳层/档案行/关闭按钮）、 118 个电子排布解析且壳层电子数之和 = Z、342 个 POTCAR 构型电子数 = 各自 ZVAL（Ag/Au_sv_GW 的 wiki 笔误已按真实 POTCAR 修正）、Fe_pv/Fe_sv 的 3p/3s 半芯、Hund 自旋占据（3d⁶=5↑1↓ 等）、伪 2D 轨道与分屏绘制、无 DOM 时导出优雅返回、轨道模式 tab 数 = 2， mock canvas 的伪 2D 轨道/分屏绘制、ENCUT/搜索/片段派生逻辑。 它不能代替浏览器视觉验收（Canvas 动画的实际观感只能肉眼确认）。
数据核对：docs/data-paw.md 记录逐条核对与 mismatch；docs/data-elements.md 记录自检输出。
周期表使用显式 18 列 grid 坐标（PT_GRID_CELLS），smoke 会断言 118 个元素格坐标唯一且与周期表位置一致（H→(1,2)、Fe→(8,5)、La→(3,10)、Og→(18,8)），防止布局回归。
本插件是选势与参数参考，不替代收敛测试；ENCUT 公式是项目经验惯例，初始磁矩是起始猜测。

VASP 元素周期表（@dsh-vasp/periodic-table）

面板位置：侧栏图标（元素周期表）→ 中央 main 面板，不占用对话窗口。

技术形态：纯客户端 bundle（Host 半为空，不启动 Python、不发起 RPC、不读写计算目录）。

数据：PBE PAW 数据集来自 VASP Wiki Available PAW potentials 表，并逐条与一份只读的共享 POTCAR 库（真实 POTCAR 头部：ZVAL / ENMAX / POMASS）核对；元素基础数据来自 pymatgen，初始磁矩取 Materials Project MPRelaxSet 惯例。详见 docs/data-elements.md、 docs/data-paw.md。

功能

周期表：118 元素、18 族 + 镧系/锕系两行；支持符号/中文名/英文名/原子序数搜索。

五种着色：分类、磁性倾向、ENMAX、价电子数（ZVAL）、电负性（带图例）。

元素详情：

原子轨道动画（Canvas，点击元素即出现）：由 config 电子排布实时推导
- 「玻尔壳层」：K/L/M… 倾斜轨道 + 发光电子，各壳层速度/方向不同；
- 核心 = POTCAR 价电子的轨道分布：默认按当前 POTCAR 数据集的价电子构型绘制「每条被占据子壳层一圈椭圆轨道 + 该子壳层电子数的发光电子点」（带拖尾、深度明暗），冻结芯电子同时以暗色虚线"鬼环"保留在视野里（可一眼看出「哪些芯态被 POTCAR 收进了价态」），核区显示 core N 光晕；_pv/_sv/_d 额外收进价态的半芯态用琥珀色虚线亮环区分；
- 电子分布条：冻结芯（斜纹）vs 各子壳层（按 l 着色）按电子数占比绘制，切换数据集时宽度动画过渡；POTCAR / 原子 一键切换全部电子视图；
- POTCAR 切换器：轨道视口标题下方直接列出该元素所有 PBE 数据集（带 ZVAL 角标），点击即切换并触发射线/轨道形变；右侧 PAW 表点击同样联动；
- 原子 / POTCAR 分屏对照（「对照」模式）：左半屏 = 原子全部电子壳层，右半屏 = POTCAR 价电子 + 冻结芯鬼环，中间光点由左向右流动提示「芯态被收进价态」，两边标注 Z / ZVAL / core / valence，直接对比不同 POTCAR 的电子分布；
- 清晰伪 2D 玻尔轨道（默认模式）：同心正圆轨道，每条被占据子壳层一圈； 电子画成固定大小的发光圆点（晕 + 实心点 + 高光），等间距排在轨道上、极慢绕行（约 60 秒一圈），数量与占据数一致，一眼可以数清；半芯态琥珀虚线、冻结芯暗色虚线（不画电子）；右侧独立标签列显示 3d⁶ ↑5↓1 等占据与自旋数；选中某个子壳层 chip 时该轨道环加粗发光、其余变淡；
- 自旋向上/向下（MAGMOM 语义）：按 Hund 高自旋规则占据（3d⁶ = 5↑1↓、未成对 4），轨道上的电子按 ↑ 青 / ↓ 玫红着色（Canvas 左下角有图例）；每个子壳层 chip 标 ↑n↓m， HUD 显示总 ↑/↓、未成对电子数与元素 MAGMOM（MP 惯例起始猜测，非收敛磁矩）；
- 导出带标注高清 PNG：Canvas HUD 的 ⤓（或全屏舞台「导出 PNG」）用离屏 1680×1050 重绘深色底 + 当前视图 + 元素/构型/来源数据集/ZVAL/芯-价电子/半芯/未成对自旋/ MAGMOM/ENCUT 信息栏 + 自旋图例 + 来源页脚，文件名含元素与数据集；
- 背景：纯深色渐变 + 静态 HUD 网格/描边（无星点/粒子/扫描线等动态粒子特效）；
- 布局：轨道视口固定显示在周期表下方（深空底、全宽 Canvas），右侧详情栏只放文字信息；窄窗口选中元素后自动把轨道视口滚进视野；
- 全屏轨道舞台（轨道视口标题栏「⛶ 全屏轨道」、Canvas 右上角 ⛶，或双击周期表元素直接进入）：覆盖面板的巨型轨道 + 深色底 + 巨型元素符号水印 + 打开/切元素时的 18 点爆裂；右侧档案栏（壳层电子数条形图、PAW 数据集/ZVAL/ENMAX/ENCUT/MAGMOM、相位图例）；顶部「‹ ›」逐个元素步进（切换时轨道交叉淡化 + 冲击波 + 46 颗火花）、「⤓ 导出 PNG」、 Esc 关闭；
- 元素切换形变：叉淡化冻结帧 + 双冲击波 + 火花爆裂（内嵌与舞台都生效）；
- 绘制细节：原子核质子/中子小球 + 脉冲辉光、旋转 HUD 刻度环、中心径向暗化（保证浅色主题下电子对比度）、右侧独立标签列；
- 底部子壳层 chip（1s² 2s² 2p⁶ 3s² 3p⁶ 3d⁶ 4s²）：点击任意子壳层即高亮该子壳层的轨道圆；
- HUD 行显示壳层电子数、价层子壳层、价电子数，并与当前 PAW 势的 ZVAL 对照；
- 30 fps 上限、IntersectionObserver 滚出视口暂停、页面隐藏暂停、 prefers-reduced-motion 只画静态帧；
基本信息（原子量、周期/族/区、电子排布、电负性、原子半径、氧化态、熔点、密度）；
PAW 势表：该元素全部 PBE 数据集，含 ZVAL、ENMAX、Wiki 默认 与 推荐 标记，点击切换当前数据集；
建议 ENCUT：max(500 eV, ⌈1.3 × ENMAX⌉) 向上取整到 10 eV（500 eV 为默认下限）；
初始 MAGMOM：Materials Project 惯例值 + 按氧化态的备选值，并明确标注"起始猜测，不是收敛磁矩"；
SOC 提示：重元素给出"建议评估"而不是"必须开启"；
一键复制 POSCAR 元素行 / POTCAR 拼接命令 / INCAR 片段。

体系构建：Shift+点击（或详情页「加入体系」）选多个元素并填原子数，自动生成

POSCAR 第 6/7 行（元素顺序 + 原子数），
POTCAR 拼接命令（按顺序，默认用推荐数据集），
MAGMOM（n*μB 计数写法）、ENCUT、ISPIN 的 INCAR 片段。

HUD 科幻皮肤（轻量版，优先流畅度）：静态星空/网格/辉光背景、元素格错峰入场、悬停光晕、光标跟随的 HUD 信息卡（实时显示 PBE 数据集/ZVAL/ENMAX/ENCUT/MAGMOM）、选中单元格脉冲光环与发光元素符号；切换着色模式时表格扫光；渐变标题、发光卡片、状态条滚动读数（数据规模/项目经验推荐/ENCUT 规则）；ENCUT 详情带能量条（500 eV 项目经验下限刻度）。性能约束：不使用大范围位置动画/扫描线/backdrop-filter/入场模糊；悬停与指针跟随用 requestAnimationFrame 合帧、网格子树 useMemo（hover 不重建 118 个格子）、 Canvas 30 fps 上限且滚出视口/切后台暂停。文本颜色只用宿主主题 token（明暗两套可读），装饰性辉光属于 artwork； prefers-reduced-motion 下关闭全部动画；顶栏还提供「动效：开 / 省电」一键切换（省电模式关闭星空、入场、脉冲与读数轮播，保留原子轨道 Canvas 与全部功能）。中英文案注册到 Client locale 服务；记住上次的着色模式/选中元素/体系/动效档（localStorage）。

安装 / 更新

这是一个 DeepSeek Harness bundle，仓库里已经包含构建好的 lib/client.js，安装时不需要先构建。

方式一：DSH 插件管理器

在 DSH 桌面端插件管理器里选择从本地目录安装，目录指向本仓库根目录（包含 package.json、index.js、cordis.patch.yml）。

方式二：命令行

git clone https://github.com/bowenphys/dsh-vasp-periodic-table.git dsh plugin --profile <profile> add file:/绝对路径/dsh-vasp-periodic-table

激活后，左侧栏会出现「元素周期表」图标；打开即进入独立面板。

修改源码后

node scripts/check-elements.mjs node scripts/build-client.mjs node scripts/smoke-client.mjs

lib/client.js 是生成产物，更新后需要重启 DSH 宿主以加载新的模块代际。

路径

说明

src/data/elements.js

118 元素数据（物理量 + 中文名 + MP 初始磁矩）

src/data/paw.js

PBE PAW 数据集注册表（343 条；ls 条目 346 含 3 个非数据集文件）+ 推荐

src/ui/i18n.js

中英文案（zh/en key 必须一致）

src/ui/theme.js

主题 token / 分类色相 / 数值色阶

src/ui/helpers.js

纯函数：布局、数据集选择、ENCUT/MAGMOM 派生、片段生成

src/ui/components.js

周期表、详情、PAW 表、片段块、体系构建等组件

src/ui/app.js

根组件：状态、持久化、宽窄布局、语言订阅

src/plugin.js

main + sidebar.panellist 注册、locale 注册、__internals

scripts/build-client.mjs

把纯脚本片段拼装成 lib/client.js（唯一构建步骤，无依赖）

scripts/smoke-client.mjs

假 React / 假 slot 上下文的渲染冒烟测试

docs/data-elements.md

元素数据来源与口径

docs/data-paw.md

PAW 数据版本判定、核对结果、推荐推导

验证与边界

node scripts/smoke-client.mjs（45 项）：验证 bundle 格式、locale 字典一致性、slot 注册（main key vasp-periodic、sidebar.panellist id 与之一致）、完整渲染 118 元素格、每格 grid 坐标唯一且正确、5 种着色 × 2 语言 × Fe/Bk 渲染矩阵（含 Canvas 与子壳层 chip 在场）、全屏舞台组件渲染（canvas/子壳层/档案行/关闭按钮）、 118 个电子排布解析且壳层电子数之和 = Z、342 个 POTCAR 构型电子数 = 各自 ZVAL（Ag/Au_sv_GW 的 wiki 笔误已按真实 POTCAR 修正）、Fe_pv/Fe_sv 的 3p/3s 半芯、Hund 自旋占据（3d⁶=5↑1↓ 等）、伪 2D 轨道与分屏绘制、无 DOM 时导出优雅返回、轨道模式 tab 数 = 2， mock canvas 的伪 2D 轨道/分屏绘制、ENCUT/搜索/片段派生逻辑。 它不能代替浏览器视觉验收（Canvas 动画的实际观感只能肉眼确认）。

数据核对：docs/data-paw.md 记录逐条核对与 mismatch；docs/data-elements.md 记录自检输出。

周期表使用显式 18 列 grid 坐标（PT_GRID_CELLS），smoke 会断言 118 个元素格坐标唯一且与周期表位置一致（H→(1,2)、Fe→(8,5)、La→(3,10)、Og→(18,8)），防止布局回归。

本插件是选势与参数参考，不替代收敛测试；ENCUT 公式是项目经验惯例，初始磁矩是起始猜测。

bowenphys/dsh-vasp-periodic-table

VASP 元素周期表（@dsh-vasp/periodic-table）

功能

安装 / 更新

方式一：DSH 插件管理器

方式二：命令行

修改源码后

DSH 插件发现

独立插件

许可与数据来源

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数据再生成

验证与边界

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VASP 元素周期表（@dsh-vasp/periodic-table）

功能

安装 / 更新

方式一：DSH 插件管理器

方式二：命令行

修改源码后

DSH 插件发现

独立插件

许可与数据来源

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验证与边界

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