AITP 科研工作台

AITP Research Desk 是 DeepSeek Harness（DSH）的一个研究插件：把「一个课题」变成一个自包含的文件夹，让 Agent 在写文件前就知道东西该放哪，并给研究者一个文件管理器式的界面来浏览课题、笔记、文献、代码和计算。

它不解析 PDF、不做 RAG、不建数据库；它只约束 Markdown 目录结构与写入位置，并把已有文件原样展示出来。

English: A DeepSeek Harness plugin that turns an AITP research topic into a self-contained folder, enforces where files may be written, exposes research.md tools to the agent, and provides a file-manager-style topic browser. It is designed to be used together with the AITP Skills bundle.

仓库：https://github.com/bhjia-phys/aitp-research-desk
配套 Skills：https://github.com/bhjia-phys/AITP-Research-Protocol（plugins/aitp）
许可证：MIT

它解决什么问题

研究笔记常见的问题不是“没写”，而是：

同一个课题的推导、脚本、数据、论文稿散落在不同目录；
Agent 每次都把新文件丢在课题目录根下，几个月后没人知道哪个是最终版；
换一个会话或换一个 Agent，就不知道这个课题做到哪了；
想找一个旧推导，只能靠记忆或全文搜索。

本插件把 AITP 的约定变成可执行的约束：

课题 = 含 research.md 的目录；research.md 是唯一主笔记；
写文件前用 research_path 取规范位置；
写守卫拦截“根目录乱放脚本/数据/图片”；
research_log 把进展写进 Current work；
research_check 做结构体检；
面板按真实文件夹展开，不另存一份索引。

和 AITP Skills 的关系

两者是两个独立的 DSH bundle，建议一起安装：

	负责	仓库
AITP Skills	怎么研究：研究循环、笔记结构、验证、写作、领域方法	AITP-Research-Protocol/plugins/aitp
AITP 科研工作台（本仓库）	东西放哪、现在到哪了：写入守卫、`research.md` 工具、课题浏览面板	本仓库

共享一份放置规则。 Skills bundle 里有 assets/placement-rules.json，本插件的 placementRules 配置指向它；守卫、research_path、research_write、research_check 和系统提示都从这一份生成。若未配置或读取失败，插件使用内置副本，并在 research_status 中明确提示“正在使用内置副本”。

只装工作台也能用（内置规则 + 面板）；同时安装 Skills 才能获得完整的方法论约束。

安装

要求：

DeepSeek Harness 0.2.1-rc.2 或更高（桌面版 / web profile 均可）；
Node.js 22+（DSH 自带运行时即可）。

1. 安装 AITP Skills（推荐）

git clone https://github.com/bhjia-phys/AITP-Research-Protocol.git
dsh plugin --profile desktop add ./AITP-Research-Protocol/plugins/aitp

2. 安装本插件

git clone https://github.com/bhjia-phys/aitp-research-desk.git
dsh plugin --profile desktop add ./aitp-research-desk

也可以在 DSH 的插件管理器里用 install_bundle，target 指向本目录的绝对路径。

安装后重启 DSH（Host 半需要重新加载），页面刷新后侧边栏底部出现「科研工作台」图标。

3. 配置课题根目录

编辑本插件的 cordis.patch.yml（或在 profile 的 patch 层覆盖）：

config:
  roots:
    - 'D:\Research'
    # WSL 示例：
    # - '\\wsl$\Ubuntu2204\home\you\physics\topics'
  newProjectRoot: 'D:\Research'
  placementRules: 'D:\AITP-Research-Protocol\plugins\aitp\assets\placement-rules.json'

roots 是扫描课题的根目录；每个根下按 maxDepth 查找 research.md。配置变更后重启 DSH。

功能

课题树（文件管理器式）

按方向 → 课题 → 材料目录 → 文件逐层展开，读的是真实文件夹；
点文件用 DSH 原生预览打开（Markdown、PDF、图片、代码）；
Markdown/TeX 行尾可「编辑」，保存时检查文件是否已被 Agent 改过；
展开状态、滚动位置、目录列表缓存都会保留；
大目录只显示前 500 项，并提示剩余数量。

规划页

编辑课题根目录的 research-plan.md，可插入指向具体课题的链接；跨盘课题写成路径文本。

编辑器

Ctrl/Cmd+S 保存；
保存携带读取时的 mtime，磁盘被 Agent 改过时拒绝覆盖，提供「载入磁盘版本」；
未保存内容留在本机作为草稿，重新打开可恢复；
读取失败或超过 2 MB 时只读。

知识库

右侧栏的「知识库」页签：列出共享知识库顶层条目，可逐层浏览；支持全文搜索（后台建一次索引，之后毫秒级返回），文件在原生预览中打开。

远程主机

只允许打开 remoteAllow 中列出的 SSH 别名，并在本机终端中执行。

Agent 工具

工具	用途
`research_status`	列出全部课题、状态、更新时间、材料数量、体检问题；指出当前工作目录所属课题。
`research_path`	写文件前取规范路径（notes/references/code/calculations/manuscripts/data/project/research），必要时建目录。
`research_init`	新建课题：`research.md` 模板 + README 地图 + 材料目录。
`research_log`	把带日期的进展写进 `research.md` 的 Current work。
`research_check`	结构体检：根目录散落文件、缺失 Current work、未链接材料、未说明的代码库、断链、运行目录缺说明。
`research_write`	在课题内写文件（自动建父目录）；WSL/网络盘上 `write`/`edit` 不可用时使用。
`research_organize`	把课题目录根下放错位置的文件整理到 code/data/references/figures/manuscripts；默认 dry-run。

系统提示会要求：先 research_status 确认课题 → 写前 research_path → 有实质进展 research_log → 收尾 research_check。

课题目录约定

推荐骨架（可增量创建，不强制一次建全）：

<课题>/
  research.md        # 主笔记：Opening / Current work / 科学论证 / 决策
  README.md          # 材料地图（位置说明，不是第二份摘要）
  notes/             # 推导、概念、阅读笔记
  references/        # 文献、书目、源文档
  code/              # 本课题的代码库
  calculations/      # 计算与实验：一次运行一个子目录（含 README：命令/输入/输出/结论）
  manuscripts/       # 论文草稿与 TeX 源
  data/              # 大数据（可选）
  figures/           # 图（可选）

课题目录根下只允许 research.md、README.md、.tex/.bib 主稿和 .gitignore；其他文件由写守卫拒绝。已有目录可以就地采纳：把 research.md 放进现有课题文件夹即可，不必迁移。

设计取舍

只读文件系统 + 普通 Markdown：没有数据库、台账或隐藏状态，删掉插件不丢任何科研数据；
单一规则来源：placement-rules.json 驱动守卫与提示，避免“文档说一套、代码做一套”；
不做文献管理：文献就是 references/ 下的文件和链接，不接 Zotero/RAG；
面板不写文件：所有写入发生在会话里，可观察、可回滚；
原生预览优先：不在插件内重复实现 PDF/图片渲染。

已知限制

写守卫覆盖 write / edit / str_replace_editor / research_write；shell 脚本里的写入靠系统提示与收尾 research_check 发现；
WSL 上首次为某个课题目录打开原生预览时，需要创建/复用一个 workspace 和会话，之后复用；
目录特别大的 WSL 路径首次展开仍受 9P 延迟影响；
行内数学是轻量 LaTeX→Unicode 渲染，不是完整 TeX；
没有文件监听推送，面板按需刷新。

开发

node --check index.js
node --check lib/store.js
node --check client.js
node test-store.mjs
node test-client.mjs
node test-host.mjs

test-client.mjs / test-host.mjs 需要 DSH 的运行时模块；在安装本插件的 profile 目录中运行最方便。

License

MIT，见 LICENSE。

AITP 科研工作台

它不解析 PDF、不做 RAG、不建数据库；它只约束 Markdown 目录结构与写入位置，并把已有文件原样展示出来。

English: A DeepSeek Harness plugin that turns an AITP research topic into a self-contained folder, enforces where files may be written, exposes research.md tools to the agent, and provides a file-manager-style topic browser. It is designed to be used together with the AITP Skills bundle.

仓库：https://github.com/bhjia-phys/aitp-research-desk
配套 Skills：https://github.com/bhjia-phys/AITP-Research-Protocol（plugins/aitp）
许可证：MIT

它解决什么问题

研究笔记常见的问题不是“没写”，而是：

同一个课题的推导、脚本、数据、论文稿散落在不同目录；
Agent 每次都把新文件丢在课题目录根下，几个月后没人知道哪个是最终版；
换一个会话或换一个 Agent，就不知道这个课题做到哪了；
想找一个旧推导，只能靠记忆或全文搜索。

本插件把 AITP 的约定变成可执行的约束：

课题 = 含 research.md 的目录；research.md 是唯一主笔记；
写文件前用 research_path 取规范位置；
写守卫拦截“根目录乱放脚本/数据/图片”；
research_log 把进展写进 Current work；
research_check 做结构体检；
面板按真实文件夹展开，不另存一份索引。

和 AITP Skills 的关系

两者是两个独立的 DSH bundle，建议一起安装：

	负责	仓库
AITP Skills	怎么研究：研究循环、笔记结构、验证、写作、领域方法	AITP-Research-Protocol/plugins/aitp
AITP 科研工作台（本仓库）	东西放哪、现在到哪了：写入守卫、`research.md` 工具、课题浏览面板	本仓库

只装工作台也能用（内置规则 + 面板）；同时安装 Skills 才能获得完整的方法论约束。

安装

要求：

DeepSeek Harness 0.2.1-rc.2 或更高（桌面版 / web profile 均可）；
Node.js 22+（DSH 自带运行时即可）。

1. 安装 AITP Skills（推荐）

git clone https://github.com/bhjia-phys/AITP-Research-Protocol.git
dsh plugin --profile desktop add ./AITP-Research-Protocol/plugins/aitp

2. 安装本插件

git clone https://github.com/bhjia-phys/aitp-research-desk.git
dsh plugin --profile desktop add ./aitp-research-desk

也可以在 DSH 的插件管理器里用 install_bundle，target 指向本目录的绝对路径。

安装后重启 DSH（Host 半需要重新加载），页面刷新后侧边栏底部出现「科研工作台」图标。

3. 配置课题根目录

编辑本插件的 cordis.patch.yml（或在 profile 的 patch 层覆盖）：

config:
  roots:
    - 'D:\Research'
    # WSL 示例：
    # - '\\wsl$\Ubuntu2204\home\you\physics\topics'
  newProjectRoot: 'D:\Research'
  placementRules: 'D:\AITP-Research-Protocol\plugins\aitp\assets\placement-rules.json'

roots 是扫描课题的根目录；每个根下按 maxDepth 查找 research.md。配置变更后重启 DSH。

功能

课题树（文件管理器式）

按方向 → 课题 → 材料目录 → 文件逐层展开，读的是真实文件夹；
点文件用 DSH 原生预览打开（Markdown、PDF、图片、代码）；
Markdown/TeX 行尾可「编辑」，保存时检查文件是否已被 Agent 改过；
展开状态、滚动位置、目录列表缓存都会保留；
大目录只显示前 500 项，并提示剩余数量。

规划页

编辑课题根目录的 research-plan.md，可插入指向具体课题的链接；跨盘课题写成路径文本。

编辑器

Ctrl/Cmd+S 保存；
保存携带读取时的 mtime，磁盘被 Agent 改过时拒绝覆盖，提供「载入磁盘版本」；
未保存内容留在本机作为草稿，重新打开可恢复；
读取失败或超过 2 MB 时只读。

知识库

右侧栏的「知识库」页签：列出共享知识库顶层条目，可逐层浏览；支持全文搜索（后台建一次索引，之后毫秒级返回），文件在原生预览中打开。

远程主机

只允许打开 remoteAllow 中列出的 SSH 别名，并在本机终端中执行。

Agent 工具

工具	用途
`research_status`	列出全部课题、状态、更新时间、材料数量、体检问题；指出当前工作目录所属课题。
`research_path`	写文件前取规范路径（notes/references/code/calculations/manuscripts/data/project/research），必要时建目录。
`research_init`	新建课题：`research.md` 模板 + README 地图 + 材料目录。
`research_log`	把带日期的进展写进 `research.md` 的 Current work。
`research_check`	结构体检：根目录散落文件、缺失 Current work、未链接材料、未说明的代码库、断链、运行目录缺说明。
`research_write`	在课题内写文件（自动建父目录）；WSL/网络盘上 `write`/`edit` 不可用时使用。
`research_organize`	把课题目录根下放错位置的文件整理到 code/data/references/figures/manuscripts；默认 dry-run。

系统提示会要求：先 research_status 确认课题 → 写前 research_path → 有实质进展 research_log → 收尾 research_check。

课题目录约定

推荐骨架（可增量创建，不强制一次建全）：

<课题>/
  research.md        # 主笔记：Opening / Current work / 科学论证 / 决策
  README.md          # 材料地图（位置说明，不是第二份摘要）
  notes/             # 推导、概念、阅读笔记
  references/        # 文献、书目、源文档
  code/              # 本课题的代码库
  calculations/      # 计算与实验：一次运行一个子目录（含 README：命令/输入/输出/结论）
  manuscripts/       # 论文草稿与 TeX 源
  data/              # 大数据（可选）
  figures/           # 图（可选）

设计取舍

只读文件系统 + 普通 Markdown：没有数据库、台账或隐藏状态，删掉插件不丢任何科研数据；
单一规则来源：placement-rules.json 驱动守卫与提示，避免“文档说一套、代码做一套”；
不做文献管理：文献就是 references/ 下的文件和链接，不接 Zotero/RAG；
面板不写文件：所有写入发生在会话里，可观察、可回滚；
原生预览优先：不在插件内重复实现 PDF/图片渲染。

已知限制

写守卫覆盖 write / edit / str_replace_editor / research_write；shell 脚本里的写入靠系统提示与收尾 research_check 发现；
WSL 上首次为某个课题目录打开原生预览时，需要创建/复用一个 workspace 和会话，之后复用；
目录特别大的 WSL 路径首次展开仍受 9P 延迟影响；
行内数学是轻量 LaTeX→Unicode 渲染，不是完整 TeX；
没有文件监听推送，面板按需刷新。

开发

node --check index.js
node --check lib/store.js
node --check client.js
node test-store.mjs
node test-client.mjs
node test-host.mjs

test-client.mjs / test-host.mjs 需要 DSH 的运行时模块；在安装本插件的 profile 目录中运行最方便。

License

MIT，见 LICENSE。

bhjia-phys/aitp-research-desk

AITP 科研工作台

它解决什么问题

和 AITP Skills 的关系

安装

1. 安装 AITP Skills（推荐）

2. 安装本插件

3. 配置课题根目录

功能

课题树（文件管理器式）

规划页

编辑器

知识库

远程主机

Agent 工具

课题目录约定

设计取舍

已知限制

开发

License

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bhjia-phys/aitp-research-desk

AITP 科研工作台

它解决什么问题

和 AITP Skills 的关系

安装

1. 安装 AITP Skills（推荐）

2. 安装本插件

3. 配置课题根目录

功能

课题树（文件管理器式）

规划页

编辑器

知识库

远程主机

Agent 工具

课题目录约定

设计取舍

已知限制

开发

License

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