DSH 文档工作流（docflow）

在 DeepSeek Harness（DSH）中以 Cordis 动态插件形式运行的医学研究与文档处理工作流：

• 文档侧：上传或拖入 docx / pdf / ppt / xlsx / txt 文件，按对话要求生成 / 修改精美文档（docx / pptx / pdf / xlsx），浏览器一键下载。
• 文献侧：真实文献检索、核查、提炼与审阅（PubMed / Crossref 官方 API，GB/T 7714-2015 引文格式）。
• 科研侧（medkit，按需唤起）：医学统计分析、统计作图、生信分析、网络药理学、汤液经法图、技术路线图、中医药配伍查询与安全性核验。

功能一览

文档处理（docflow 主插件）

能力	说明
📎 文件上传	浏览器面板 + 输入区按钮 + 拖入输入区（图片拖入放行原生附件）
📄 文档生成	markdown → 精美 docx / pptx / pdf / xlsx（封面、6 套主题配色、表格、引用、代码块、页眉页脚页码；Excel 带主题表头与自动列宽）
✏️ 文档修改	查找替换、改标题、追加内容、换主题色（输出为新文件）；xlsx 支持单元格替换、追加工作表
🔄 格式转换	docx / pptx / pdf 互转

文献检索与引用（docflow 主插件）

能力	说明
📚 文献检索	PubMed/Medline（NCBI E-utilities 官方 API）真实检索，含 PMID、DOI、摘要
🔍 Crossref 补充	DOI 权威注册库检索（中文期刊、会议论文、专著章节）
✅ 文献核查	逐条与 PubMed / Crossref 官方数据比对，防止引用不存在的文献
📖 引文格式	GB/T 7714-2015 顺序编码制（中华口腔医学会格式），自动生成 作者. 题名[J]. 刊名, 年, 卷(期): 页码.

医学研究套件（medkit，按需唤起）

medkit 为独立 host-only 插件，仅在需要时激活、用完可停，不常驻占用 token。详见下方「按需唤起」。

能力	说明
📊 统计分析	两组比较（t 检验 / Mann-Whitney / Wilcoxon，含 Cohen d、Shapiro 正态性）、多组（ANOVA / Kruskal-Wallis）、分类（卡方 / Fisher）、相关（Pearson / Spearman）、ROC（AUC）
📈 统计作图	箱线图、柱状图、折线图、散点图（含回归）、热图、森林图、火山图、ROC 曲线、生存曲线（PNG）
🧬 生信分析	差异表达（t 检验 + log2FC + 火山图）、GO/KEGG 富集（超几何检验 + 条形图）
🌐 网络药理学	成分-靶点二分网络、PPI 蛋白互作网络、Hub 基因（degree / betweenness）
🀄 汤液经法图	五脏五味补泻规则（《辅行诀脏腑用药法要》）+ 补泻图
🗺 路线图	技术路线图 / 研究机制路径图 / 流程图（节点换行、自定义颜色）
🪴 中医药查询库	190 味中药、83 组药对、80 首方剂、十八反十九畏、口腔黏膜病适用方剂速查
🛡 配伍核验	剂量上限（对照《中国药典》2020 参考量）、毒性药警示、十八反十九畏禁忌检查，附 PubMed 佐证

目录结构

.
├── engine/docflow_engine.py   # docflow 引擎：文档生成/编辑/提取 + 文献检索核查 + 中药核验（单文件无依赖）
├── plugin/docflow-host.js     # docflow 插件 Host 半体（RPC、模型工具、下载路由）
├── plugin/docflow-client.js   # docflow 插件 Client 半体（浏览器面板、上传按钮、拖放层）
├── plugin/docflow.json        # docflow 插件定义元数据（自动恢复说明）
├── medkit/
│   ├── medkit_engine.py       # medkit 引擎：统计/作图/生信/网络药理/汤液经法图/流程图/中药查询
│   ├── medkit-host.js         # medkit 插件 Host 半体（8 个模型工具，按需唤起）
│   ├── tcm_data.json          # 中医药数据库（分级标注：A=药典 / B=教材 / C=经典医籍）
│   └── medkit.json            # medkit 插件定义元数据
└── README.md

运行时目录（不入库）：venv/（Python 虚拟环境）、uploads/、outputs/、tmp/。

快速开始

1. 准备引擎环境（一次性）

cd .docflow
python3 -m venv venv
venv/bin/pip install python-docx python-pptx pdfplumber reportlab openpyxl \
                   matplotlib scipy statsmodels networkx pandas scikit-learn

2. 在 DSH 会话中定义并运行插件

docflow：cordis_define（code.host ← plugin/docflow-host.js，code.client ← plugin/docflow-client.js）→ cordis_run 激活（Client 半体需用户批准一次）。

medkit（按需）：仅当需要统计/作图/生信/网络药理/汤液经法图/路线图/中药查询核验时，cordis_define（code.host ← medkit/medkit-host.js，无 client）→ cordis_run 激活；用完 cordis_stop 释放。

动态插件在 DSH 进程重启后丢失。已提供持久化定义与「文档工作流」agent preset（会话启动自动恢复 + medkit 按需唤起指令）。

3. 引擎命令行（也可独立使用）

# docflow 引擎
venv/bin/python engine/docflow_engine.py decode-file <b64文件> <out>       # base64 → 二进制
venv/bin/python engine/docflow_engine.py extract <file>                     # 提取全文 → JSON
venv/bin/python engine/docflow_engine.py create <fmt> <out> [spec.json]    # 生成 docx/pptx/pdf/md/txt/xlsx
venv/bin/python engine/docflow_engine.py edit <fmt> <in> <out> [spec.json] # 修改文档
venv/bin/python engine/docflow_engine.py lit-search <term> [n]             # PubMed 检索
venv/bin/python engine/docflow_engine.py lit-crossref <query> [n]          # Crossref 检索
venv/bin/python engine/docflow_engine.py lit-verify <refs.json>            # 引文真实性核查
venv/bin/python engine/docflow_engine.py tcm-verify <items.json> [0]       # 中药配伍核验（0=跳过PubMed佐证）

# medkit 引擎
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py stats   <spec.json>   # 统计分析
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py plot    <spec.json>   # 作图（spec.out 为 PNG 路径）
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py bio     <spec.json>   # 生信（diff/enrich）
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py network <spec.json>   # 网络药理（herb_target/ppi）
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py tangye  <spec.json>   # 汤液经法图
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py flow    <spec.json>   # 技术路线图/机制路径图
venv/bin/python medkit/medkit_engine.py tcm     <spec.json>   # 中药/药对/方剂/禁忌查询

4. 模型工具

docflow：docflow_create_document · docflow_edit_document · docflow_parse_document · docflow_list_documents · docflow_export_document · docflow_literature_search · docflow_literature_crossref · docflow_literature_verify

medkit：medkit_stats · medkit_plot · medkit_bio · medkit_network · medkit_tangye · medkit_flow · medkit_tcm_query · medkit_tcm_verify

中医药数据真实性

medkit/tcm_data.json 内置数据库（190 味中药 / 83 药对 / 80 方剂 / 十八反十九畏）按以下机制保障可靠性：

• 来源分级：每条数据标注 grade（A=《中国药典》2020 原文 / B=规划教材《中药学》共识 / C=经典医籍）与 source（具体出处）
• 在线核验：medkit_tcm_verify 对照药典参考剂量上限表核验剂量、标记毒性药（附子、半夏、细辛等）、自动检出十八反（如"甘草反甘遂"）与十九畏（如"人参畏五灵脂"）禁忌组合，并可检索 PubMed 佐证文献
• 免责声明：查询输出统一标注"AI 整理分级、供科研参考、临床处方须经执业中药师审核"

主题配色

blue / green / red / purple / gold / slate——自动应用到封面、标题、表格表头、引用块、图表与页脚。

技术说明

• 下载：插件通过 webServer 注册 /dsh-docflow/download/<id> 前缀路由；地址为相对路径，浏览器按当前页面 origin 解析，任意访问方式（IP/域名/端口转发）均可下载。
• 文件传参：上传 base64 与生成 spec 均先落盘再交给 Python 处理，规避沙箱 stdin 传递的不确定性；所有 fs/shell 写操作显式声明 workspace-write 沙箱策略。
• 文献来源：PubMed/Medline（NCBI E-utilities：esearch → esummary → efetch）与 Crossref REST API，均为官方公开接口；检索带速率控制（NCBI 3 req/s）。
• 按需唤起：medkit 为独立 host-only 插件，不常驻注册工具；需要时激活、用完可停，避免浪费 token。