论文库（PaperDepot）

把 PDF 论文变成可检索、可读、可连接的 Obsidian 论文库。

论文库是一个 DeepSeek Harness（DSH）插件： 它负责「进件 + 组织」，Obsidian 只负责存储与阅读。

它不是 Obsidian 社区插件。 它安装进 DSH，由 DSH 面板操作，写入你指定的 Obsidian 库。

PDF
 ├─ MinerU 解析        → full.md + images/ + layout.json
 ├─ 元数据获取          → 标题 / 作者 / 年份 / 期刊 / DOI
 ├─ 条目组装            → index.md + full.md + paper.pdf + images/figNN.jpg
 ├─ 摘要生成（LLM）     → 一句话总结 / 背景 / 方法 / 结果 / 结论 / 数据表
 └─ 标签生成（LLM）     → 四类分层标签，映射到受控词表

功能

• 拖 PDF 入库：拖拽、选择文件或粘贴本地路径；同一 PDF 按指纹自动跳过。
• 自动元数据：优先读 PDF 首页 DOI / arXiv 号，再走 Crossref / arXiv 精确查询。
• 结构化摘要与标签：LLM 生成中文摘要和四类受控标签（领域 / 方法 / 应用 / 仪器），可单篇补跑。
• Obsidian 原生体验：元数据写进 frontmatter，Properties / Dataview / 标签面板 / 双链 / Graph 直接可用。
• 总览 / 论文 / 概念：面板内看统计、搜索条目、浏览概念页与相关论文。
• 分类页与导航块：自动生成 3-Taxonomy/ 分类页和论文页导航块，幂等可重建。
• 手机只读导出：整库导出 EPUB / DOCX / PDF，放到同步盘用手机阅读器看。
• 跨平台尽力而为：Windows 一等支持；macOS / Linux 实验性（欢迎反馈）。

5 分钟快速开始

1. 准备 DSH + Obsidian：安装 DSH 桌面版，并在 Obsidian 里新建或打开一个库（路径尽量短）。
2. 安装插件：任选下面一种方式（初次使用推荐 GitHub Release tarball）； 不想手动敲命令，就把一键安装提示词整段发给 DSH。
3. 申请 MinerU Token：打开 https://mineru.net 注册 → 控制台 → API 管理 → 创建 Token。
4. 首次配置：打开左侧栏「论文库」→ 配置卡里粘贴 Token → 保存并验证 → 选择 Obsidian 库路径。
5. 导入第一篇：把 PDF 拖进面板 → 看实时日志 → 打开 Obsidian 的 1-Papers/<标题>/index.md。

PDF 会发送到 MinerU 云端解析；摘要材料会发送给你在 DSH 中配置的模型。 涉密、未发表或不允许上传的稿件请不要导入。

安装

完全不想手动操作？把一键安装提示词 复制给 DSH，它会自己定位 profile、装包、写 cordis.patch.yml、装 Python 依赖并做安装后验证。

方式 A：DSH 插件市场（收录后推荐）

DSH → 设置 → 插件 → 插件市场 → 搜索「论文库」→ 安装 → 刷新页面。

方式 B：npm 安装（进阶）

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add paperdepot

然后在 profile 的 cordis.patch.yml 末尾加上：

- insert:
    - id: paperdepot
      name: paperdepot
      config:
        vault: 'C:\Users\<你>\Documents\ObsidianVault'

刷新 DSH（必要时重启）。

方式 C：GitHub Release tarball（国内网络更稳）

从 Releases 下载 paperdepot-0.1.0.tgz，然后：

cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add "D:\downloads\paperdepot-0.1.0.tgz"

同样在 cordis.patch.yml 里加 id: paperdepot / name: paperdepot 的 insert。

方式 D：源码 link（开发 / 调试）

git clone https://github.com/HUAWEIYYLS/paperdepot.git
cd "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop"
pnpm add "link:D:\path\to\paperdepot"

cordis.patch.yml 同上。

重要：profile 里的 name: 必须是包名 paperdepot，不能写 paperdepot/host。 写子路径会出现「host 正常、左侧栏没有论文库」。

方式 E：DSH「发现」页的自定义索引源（可选）

DSH 目前没有官方插件市场：开箱的「发现」页默认没有任何索引源，直接搜不到任何第三方插件。 本仓库自带一个自建索引（market/index.json），加上它就能在「发现」页搜到并一键安装：

1. DSH 侧栏 → 插件 → 实验性插件旁的更多 → 启用自定义插件市场；
2. 插件页 → 发现 → 添加索引源 → 粘贴： https://raw.githubusercontent.com/HUAWEIYYLS/paperdepot/main/market/index.json
3. 在搜索框搜「论文库」或 paperdepot → 安装（索引里只有本插件，来源是 GitHub 提交）。

这个索引只收录 PaperDepot 自己，属于自建源；别人要搜到，得先添加这个 URL。 索引格式与校验器是 DSH 官方的 format 1（@deepseek-ai/dsh-plugin-market-index）。

首次配置

打开左侧栏「论文库」面板，第一次会看到配置卡：

1. MinerU Token：粘贴 → 「保存并验证」。插件会真的调一次 MinerU 接口验 key。 Token 只写到本机配置文件，不会上传；也可以用环境变量 MINERU_API_KEY。

2. Obsidian 库路径：选择一个已存在的文件夹；空库也可以，第一次导入会创建 1-Papers/。

3. Python 依赖：需要 Python 3.10+ 和以下依赖：

   python -m pip install -r requirements.txt
   

   如果你是通过 npm 安装的，requirements.txt 在插件包的 pipeline/ 目录里； 面板的配置卡会显示当前流水线路径。

4. 摘要模型（可选）：在 profile 的插件配置里设置 provider / model； 不设置时使用宿主默认模型。没有可用模型也能入库，只是摘要/标签会处于「待生成」。

配置卡随时可以从右上角的「MinerU 已配置 / 未配置」按钮打开。

日常使用

动作	怎么做
导入单篇	把 PDF 拖进「论文库」面板，或点「选择 PDF」，或在输入框粘贴本地路径后回车
批量导入（CLI）	python tools/ingest.py "D:\papers\*.pdf" --vault "<库路径>"
从 Zotero 批量导入	设置 ZOTERO_STORAGE 环境变量指向 Zotero storage，再 python tools/ingest.py --from-storage --limit 20 --vault "<库路径>"
看统计	面板「总览」页
搜索条目	面板「论文」页；点开可看 index.md 原文、在 Obsidian 打开
补摘要	论文页里对「待生成」条目点「生成摘要与标签」
看概念	面板「概念」页；概念页是跨论文综合，由你或 LLM 维护
看关系图	在 Obsidian 里用原生 Graph / Local Graph；论文页导航块提供概念/分类边
重建分类页/导航	面板「重建导航」（幂等，可反复跑）
手机阅读	python tools/make_mobile_reader.py --vault "<库路径>" --out "<输出目录>"，把产物放到同步盘

数据位置

内容	开发态（源码运行）	安装态（npm / 市场）
配置 / 密钥	<仓库>/config/	~/.dsh/paperdepot/config/
MinerU 缓存 / digest / 收件箱	<仓库>/cache/	~/.dsh/paperdepot/cache/
内置流水线	<仓库>/tools/	<插件包>/pipeline/tools/
Obsidian 库	你选择	你选择

• PAPERDEPOT_HOME 可改安装态根目录。
• config/secrets.local.json 和 config/paperdepot.local.json 已在 .gitignore 里，不会进 git。
• 缓存可删可重建；MinerU 缓存带版本号，可整体搬移。

配置参考

字段	默认	说明
vault	~/Documents/ObsidianVault	Obsidian 库根目录
homeRoot	仓库根 / ~/.dsh/paperdepot	配置与缓存根
dataRoot	<homeRoot>/cache	缓存 / digest / 收件箱
toolsDir	<仓库>/tools 或 <插件包>/pipeline/tools	Python 流水线
python	python	跑流水的解释器；macOS/Linux 可填 python3
provider / model	宿主默认 / opencode-go	摘要模型路由
autoSummarize	true	导入后是否自动生成摘要/标签

环境变量：

• MINERU_API_KEY：MinerU Token（优先于本地文件）。
• PAPERDEPOT_HOME：安装态数据根。
• PAPERDEPOT_VAULT：默认库路径。
• PAPERDEPOT_PYTHON：Python 解释器。
• ZOTERO_STORAGE：Zotero storage 目录（仅 --from-storage 用）。

常见问题

左侧栏没有「论文库」

1. 检查 profile 的 cordis.patch.yml：name: 必须是 paperdepot，不能是子路径。
2. 检查 profile 的 node_modules/paperdepot 是否存在（link 或 npm 安装）。
3. 刷新页面；仍不行就重启 DSH。
4. GET /paperdepot/api/health 能通但面板不在，基本就是第 1 条。

MinerU 报 401 / 403 / 429

• 401/403：Token 无效或过期，重新申请并保存。
• 429：免费额度或频率限制，等一会儿或换自己的额度。

导入成功但没有摘要

• 没有配置可用模型，或模型调用失败。入库不受影响；之后在论文页补摘要即可。
• 检查 profile 里的 provider / model 是否是宿主真实存在的路由。

图片打不开 / 路径太长

• 论文目录名限制 ≤120 字符，图片固定 figNN.jpg，PDF 固定 paper.pdf。
• Windows 上库根目录尽量短；长路径问题优先把库放到浅目录。

怎么卸载

1. DSH 设置 → 插件 → 卸载；或从 profile 里移除 paperdepot 并删除 cordis.patch.yml 对应行。
2. 删除 ~/.dsh/paperdepot/（配置 + 缓存）。
3. Obsidian 库里的 1-Papers/ 等是你自己的数据，按需保留或移走。
4. MinerU Token 可在 mineru.net 控制台删除。

支持 macOS / Linux 吗

• 本版 Windows 一等支持；macOS/Linux 已修 POSIX 长路径问题并跑基础自检，但未做完整手测，标记为实验性。

隐私与数据

数据	去哪里
PDF 原文	上传到 MinerU 云端解析（第三方服务）
论文节选（digest）	发送给你在 DSH 中配置的 LLM provider
标题 / DOI / arXiv 号	发送给 Crossref / arXiv 查询元数据
MinerU Token	只保存在本机配置文件 / 环境变量
使用统计	没有遥测；插件不上报任何数据

不要导入涉密、未发表或不允许上传第三方的材料。

兼容性

项	要求
DSH	>=0.2.1-rc.1 <0.3.0
Node.js	>=20（DSH 桌面版自带）
Python	>=3.10，需要 PyMuPDF、python-docx
Obsidian	桌面版（移动端只读用导出文件）
系统	Windows 10/11 一等；macOS/Linux 实验性

路线图

后续计划（不承诺时间）：批量队列与断点续跑、provider / 本地模型设置界面、全库 lint、概念层半自动、中英双语、移动端编辑。

贡献

• Bug / 功能请求：GitHub Issues。
• 开发与提交规范：见 CONTRIBUTING.md。
• 安全问题：见 SECURITY.md，不要公开提 issue。
• 维护者发布/分诊手册：见 docs/maintainer/。
• 行为准则：见 CODE_OF_CONDUCT.md。
• 提交代码即表示同意以 MIT 许可证贡献。

许可证

MIT。第三方依赖与商标声明见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。