dsh-openscience

把 Open Science Desktop 的研究自动化思路完整移植到 DeepSeek Harness（dsh）上。

openscience 的护城河不在它的运行时（那是 bundled OpenCode），而在「研究循环 + 溯源 + 审查 + 自演化」这一套组织思路。本项目把这套思路落到 dsh 的架构上：skill 走 dsh 的 skill 系统，provenance 从「靠 skill 约定去写的文件」升级为「session log 的架构级投影」。

包含什么

9 个 skill（skills/）：

skill	作用
ai4s-agent	元 skill，串起研究循环四段
research-explorer	把宽泛方向变成具体课题
literature-survey	文献综述（60+ 引用 PDF）
experiment-suite	实验包（代码 + results.json + 图）
paper-writer	研究论文（200+ 引用 PDF）
traceability-review	溯源审查（引用/数字/图↔代码一致性）
integrity-auditor	论文完整性审计（4 级证据分级）
mindmap-render	思维导图渲染
evolve-agent	自演化复盘（教训晋升原则）

provenance 插件（plugin/artifact-provenance/）：

@deepseek-ai/dsh-artifact-provenance，从 session log 折叠出每个文件最后写入的 seq/time，替代 openscience 的 .openscience/provenance.jsonl 约定层。核心是 foldArtifactManifest 纯函数 + provenance_last_write 工具，供 traceability-review 做图↔代码一致性检查。

research preset（preset/）：

「科研模式」agent 预设，在标准编码 Agent 的完整工具集上叠加研究循环 skill + provenance 工具。

安装

./install.sh

脚本会：

1. 把 9 个 skill 软链到 ~/.dsh/skills/
2. 把 research preset 装到 ~/.dsh/.agent-presets/research/（并把 provenance 插件的 src 路径替换成你的实际安装路径）
3. 说明 headless 挂载方式

使用

1. 重启 dsh web
2. 新建会话时选择「科研模式」
3. 直接说「研究 XXX」触发 research-explorer，「审查这份报告」触发 traceability-review，「复盘」触发 evolve-agent

发布

provenance 插件 → npm

provenance 插件依赖 dsh 的内部包（已发布 0.0.1-rc.1）和 @deepseek-ai/cordis（4.0.1），peerDependencies 已配好。发布前需要 build 生成 lib/（build 依赖 dsh 的 monorepo 配置，建议在 dsh 仓库里 build 后把 lib/ 拷过来）：

cd plugin/artifact-provenance
npm publish --access public

整个项目 → GitHub

git init
git add .
git commit -m "openscience research automation ported to dsh"
git remote add origin git@github.com:YOUR_USERNAME/dsh-openscience.git
git push -u origin main

架构

provenance 从 openscience 的「约定层」（靠 skill 约定写 .openscience/provenance.jsonl）升级为 dsh 的「架构层」（session log 单一事实源，运行时强制记录）：

• foldArtifactManifest(events)：从 tool/result 的 meta.diffs 提取覆盖写入，从 tool/call 的 arguments.file_path 兜底新建文件（dsh 的 write 工具 create 时不产 diff），最后写入胜出
• mergeWorkspaceManifest：把 session manifest 合并进 workspace 的 .dsh/provenance.json（time 大者胜出，跨 session 的 seq 不可比），让 fork 出的审查子 agent 能查到父会话的写入

License

MIT